序幕
选好主角性别后潜入海底，照提示往左游泳通过一洞窟，(用光标指向左按着B不放游泳)来到一座拥有龙之歌秘密的巨大遗迹。随后故事回到1年前。
第一章：竜の歌
南太平洋 ガタマ環礁
在船上确定好主角名字、肤色和脸形后即可带着船长女儿一起下海。海底的珊瑚礁有几处闪光点，调查可欣赏小鱼，某处还能找个星座金币。(游戏中一共100个，具体位置看以后的介绍)和船长女儿交谈后往西南游，这里会见到条小鲸鱼，调查选择第一项去寻找它的母亲，按1键去地图打圈的地方，可开着地图游过去。见到大鲸鱼后它为保护小鲸鱼向美女冲过去，导致身上的项链掉了下去，此时调查大鲸鱼可在它背上拿到项链。发现上面刻了些小文字，任务完成，在菜单选择第2项直接返回船上。
ディープ ホール
第2天被叫醒后在船长处拿到“PULSAR”枪行海洋生物用特殊电磁治疗机械。选择ディープ ホール地点下海后会有“枪”的使用方法介绍，之后往南直游，(这里要注意氧气有限制，快没了就得回船上)通过海草区域后来到目的地发现中间有个大洞穴，游过去会发现有鲨鱼，趁它往上游时用枪攻击它的嘴部可赶跑它，之后和美女交谈时选第一项继续调查，游到海洞最深处可找到一条项链。(仔细找)之后要用枪去给那些生病的鱼治疗，鱼身上会有十字标记，不同颜色代表不同程度的症状，成功救治一定的鱼后回到船上，将2条项链选第一项组合起来，出现了关于龙之歌的迷之诗句。
上岸后来到一小岛据点，(陆地操作和海中操作差不多)给海豚取好名字可在据点到处参观下，这里可以查看各类数据收集品收集情况存档等操作，按“+”键打开据点菜单选最后一项呼出海豚，可让它进行各种表演，之后可在船长处得到“海笛”。过后去调查桌子上的无线机呼出商人可得到一些关于龙之歌的新情报，之后决定前往ヴァルカ城。可在商人处鉴定和买各种东西，还能得到它送的夜间潜水装备。(以后可以WIFI了，可以去朋友的岛屿游玩)过后调查船出航世界地图选择新地点エーゲ海 キケロス。
第二章 幻想魔城
エーゲ海 キケロス海峡
在船上可得到个探察道具。下海后往前直游不远，之后打开菜单装备船上刚得的东西，调查那块大岩石会发现一个XXXX碎片，之后往西南方向游，走不远用探察道具会发现前面有旋涡，右边沿着石壁绕去旋涡的南面，地上可捡到个东西，发现这都是以前沉船掉下的东西，继续南游会看见海底沉船，附近徘徊着很多鲨鱼，用枪赶跑他们后在船的旁边可找到一个古代腕轮，上面刻有一副图，记载着旋涡包围的村镇，继续往西南方向游，又会发现旋涡。暂时不能前进了，返回船上先去小岛据点找商人鉴定腕轮吧。
获得腕轮记载的秘密后，(晚上乘船旋涡消失)调查房子选择休息到深夜，(也可之后在船上休息)和女主角交谈可得到一些钱，(踏破海域地图的报酬)之后再次前往エーゲ海 キケロス海峡。在之前旋涡处潜下水后旋涡果然消失，往西南游不远会发现村镇的遗迹，在这里居然还见到了GG也潜在这里调查，等他走后会有食人鲨出现，用枪攻击一段时间发现无效，之后有选项出现，选择躲到井里就能避开鲨鱼的攻击了。
ヴァルカ城
在井里发现是个通道，游过去后发现是个塔构造的建筑，这里会有几个入口，进去即可来到传说中的ヴァルカ城。打开菜单装备那个水中XX，使用随便画2下点OK可把鱼都吸引过来，在迷宫般的城中游走，注意有种有刺的鱼不要靠近，游到西北处有张门下有个洞可以让女主角钻进去开门，里面是宝物库可以找到些宝物。继续前游到城右会发现墙上有副地图，旁边则到了王座处.
把右边的门开启进去，里面还有张大门被锁住，调查得到些提示什么荣光的椅子，之后回头去调查王座可找到一把荣光之键，开门进去后来到王之间，调查柜子可打开一扇暗门，同时大门会关闭，进入暗门里找到一块石板，之后回头寻找出去的方法，调查王间的桌子再调查大门，开门时需要摇晃手柄，等女主角倒数完1后再按A键才能打开门。成功后可返回船上。
回到小岛基地，在女主角处可领到一个分支任务，任务内容是去最开始的海域给鱼拍些照片就行，很简单。(会自动去目的地的，之后还可领一些分支任务，具体的以后介绍)在无线机召来商人把石板给他鉴定，提到要把石板去交给一个兽医教授去解读，之后乘船选择去水族馆。见到教授后解读需要一些时间，现在可以去北极一带调查生态。
第三章 「北へ南へ」
北極 カナダ北岸沖
这里海里很寒冷，所以必须带着自己的海豚同行，调查海豚让他带着自己可加速游泳，注意此次在海里面氧气消耗比较快，(没海豚海里一些地方不能去)在中间部分会遇到鲨鱼必须绕行，到目的地后从海面上的冰洞上去登陆。这里会见到北极熊，调查一番后即可返回船上任务结束，之后返回水族馆报告。(现在可以配置水族馆来欣赏)现在去找教授石板已经解读完毕，得到关于龙之歌的新情报，之后馆长也会出现在自己的小岛据点，下一站是去南极调查。
南極 ウェッデル海
环境和北极差不多，不过此次有了馆长的防寒准备。此次任务是调查海底的特殊冰山，根据系统提示沿着冰壁的裂缝一直潜水到第3层区域(坐标C3附近)会发现一个洞穴。
アイスコフィン
里面有只海豹，还可发现个洞被冰柱挡住，调查后站在洞前使用海笛可将海豹引来将洞撞开，(如果失败了海豹要甩手柄躲避)从洞里出去后来到一广大的空间。在这里会发现传出声音去外面的原来是一只受伤的海豚，用枪救治后可收得此海豚，之后会在洞外传来声音。
从洞里出来后会发现一条巨大的鱼，声音是它传来的?(调查可骑在这条鱼身上)之后收到船长信息要主角赶快返回船处。返回船后发现刮起了大风，致使视线很低，由新收的海豚帮忙带路可离开此地，跟着它走就行，注意海豚的方向要辨别清楚。脱离冰山后大家做一番结论，随后返回据点小岛,和船长交谈他坚信龙之歌的秘密牵扯到一批神秘的财宝，随后休息，第2天GG来访带来了关于龙之歌的新情报，说在南米的コルティカ川处听到了龙之歌的声，随后GG加入伙伴。
第四章 「二つ目の石板」
コルティカ川中流域
这里是热带雨林，下水后游到中间部分时小心会有食人鱼和鄂鱼出现。游到尽头过去来到上流域，前游不远即可到达一个叫精灵瀑布的地方，在瀑布下面可以发现人工建造的一古代石门，旁边还有2个圣蛙精灵石像，这里注意系统的提示琉璃，琉璃，银，琉璃，银!使用探察装置照在石像上会发现左边青蛙有银反应，右边的有琉璃反应，接下来知道怎么做了吧。
大开门后会有声音传出来，主角们也担心会有龙之歌的诅咒，进入里面经过一走廊来到一神殿，进入里面的神室，在桌子上可以找到一本碑文，之后又会传来龙之歌声，回头游会有鄂鱼出现，用枪攻击后会到精灵瀑布处又会看见条大鲸鱼，河里出现鲸鱼??这一异常现象引起了主角注意，回船上像大家报告。现在要解开龙之歌的谜需要去找来龙之笛，龙之笛由3个零件组成。随后自动回小岛据点，船长讲起20年前潜水艇HD9号故障沉没的故事。
第五章 深淵に眠る谜
紅海 ザッハーブ海域
现在的目的是去红海调查那艘沉没的潜水艇，直接从中间那个点下海就行，下海后由于沉船在南部所以需要从南部的海沟(坐标D6附近，红圈的下面)才能下到海底深处。
紅海 ザッハーブ海域・深部
这里注意氧气消耗很快，游到坐标附近的海底170米的地方会看见氧气补给点可补充氧气。而在B3附近会有许多的金属碎片，在这里还可发现个洞窟。游进洞窟，洞里面也有氧气补给点，在B2和C2的交会处会见到只巨大的??墨鱼??挡在那里不能通过，之后回游在附近可见到一条大鲸鱼，使用海笛将鲸鱼引诱到墨鱼那里去可把墨鱼赶走，这里比较麻烦，再回头的路上多使用海笛吧……游过洞窟即可来到潜水艇HD9的残骸处，搜索可发现一个防水袋。
回到船上打开袋子可到龙之笛的圆盘形壮的第3配件和一封写给船长最后的信，随后可返回据点小岛。在岛上把以前得到的2个项链和刚得的配件选第2项(纵)拼组起来即可形成笛子。之后和码头处的GG交谈，之后选择在以前城堡见到的圆环世界地图，想起在红海下的北部见过有处裂缝，而下面是个大空洞，于是大家决定前去调查。
第六章 永遠に青き海
紅海 ザッハーブ海域
再次来到红海，在新地点潜水下去，沿着眼前的裂缝前进，在见到裂缝比较宽的地方(在D2处)即可发现下面的大空洞，但是不能下去。此时右边游去F2处的地方会发现个奇怪的地方，(青铜之岩户)进去对着墙壁使用探察机器发现这里有堵墙壁有金属反应，看来里面大有文章，大家决定将这里爆破进去，现在先返回船上休息。
第2天在海上航行会见到大群海豚，在新地点潜水下去后可直接来到已爆破的洞窟，进去通过来到ネフィリムの石窟。
ネフィリムの石窟
是揭开最终谜底的时候了，做好准备后大家一起进入石窟，在门口就会听见里面传来龙之歌声，接着大家被一股强流给吸进了石窟遗迹。
在里面会见到一副太阳壁画，使用龙之笛没什么反应，准备让教授解读壁画上的文字时发现教授失踪了，现在里面水流发生了变化，GG去寻找教授，自己则由C4处下到祭坛，在这里的巨大石像处使用龙之笛又会使水流发生变化，结果GG也失踪不见了，莫非是龙之歌的诅咒?此时再去到C2处的祭坛，在这里的巨大石像处使用龙之笛同样水流发生变化，并且还见到了强大的水流将女主角冲走，马上回头去追，结果都被冲到B2处的祭坛，结果发现大家都在这里很安全，看来这遗迹里的水流很有问题。调查这里的石像发现石像手上有个奇怪的饰物，对着使用笛子水流全部停止，回到壁画那里后解读上面的文字，提到了什么黄泉之国，钥匙……回到B2处的石像处调查石像手上的东西会开启通往黄泉之国的隐藏通路。
在地下玄室对面的“天窗”游上去，看见了最后一个石像，游到A3处的壁画让教授解读，之后去调查西侧的墙壁上的按扭打开那道“壁画”门，进去后在大空间一直往上游，之后会看到一扇巨大石门，此时会有鲨鱼冲进此处，自己去用枪攻击鲨鱼，让GG去开石门，把鲨鱼赶跑石门也就开了，进去来到天测庙。
解读这里4周的壁画，之后使用龙之歌但什么都没发生，倒是引来一条更恐怖的鲨鱼，它把门都堵死了，现在没了退路。开门的方法因该壁画里有介绍，日中之隼，夜之雄羊啊什么的，根据提示现在用枪去攻击这些鲨鱼，(主要攻小的，大的不用管)每成功攻击一条就会有提示去调查石像使用笛子，攻击成功3次将所有石像都调查一次后门就会开启，出现一条大白鲸将鲨鱼赶走，之后别忘记调查中间那个石座机关。
此时会发现大白鲸疯狂的撞击墙壁，同时开启了遗产之门，里面见到了所谓传说中的财宝……一座黄金雕像，随后遗迹发生震动马上要崩坏，和船长也失去了联系，现在需要在10分钟之内逃出遗迹。原路返回，游到途中(A3)发现强水流再次出现，之后回到大白鲸疯狂撞柱子的那里(C3)调查下面那扇壁画门，之后在女主角旁边的壁画调查足部按下机关即可开启此壁画门，成功脱出遗迹……龙之歌声也停止了，传说中的财宝……你满意了吗?
流程攻略完
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