在这个电子技术高度发达的世界里，数码宝贝作为GIGO推出的一款游戏流行于孩子们当中。某一天，主角在登陆网络和朋友们聊天的时候，突然收到了一封神秘的邮件，他和朋友们在尝试输入了许多不正确的密码之后，偶尔想到了这个词：RE…Degitize。他们一起同时输入了这个密码，而后被从电脑中涌出的奇怪电子雾包裹住，消失在了现实世界中。
当主角醒来的时候，发现身后出现了一直亚古兽。亚古兽说自己正是主角一直在玩的那款游戏中所养的数码宝贝，而且他们是数码塔的「斗技场」中第三对组合。至于为什么主角会突然出现在这个本应不可能以肉体出现的世界中，亚古兽也不得而知，所以它建议主角和他一起去「はじまりの街」一起去寻找一下可以回到原本世界去的线索。
就在此时，突然有一头加布兽冲了过来。至此我们进入第一场教学战斗。
玩家所需要的给数码兽下达指令。
「まかせた」是交给数码兽自己判断。
「アイテム」是给道具来支援。
「にげろ」是逃跑。
「離れろ」是远离敌人。
「たえろ」是防御。
「思いっ切り」是全力进攻。
这些可以通过十字键来切换。
当HP\MP槽旁边的必杀槽蓄满的时候可以摁□键来发动，当摁下〇键指针正好停在有色区域内时，必杀伤害将倍增，而当敌人使用时，同样让指针停留在区域内可大幅度减少伤害。必杀槽可以通过攻击以及受到伤害来回复。
战斗后，笔直向前走便能来到はじまりの街。到达之后，先去公公兽加收集情报，笔直向前走即可。途中碰到的两只幼年期数码兽似乎很害怕主角，说着「又有人类来了」就逃走了。这是怎么回事?
在和公公兽的对话中，主角得知自己是第三个来到街道上的，前一名是个很傲慢的女孩子。主角表达了自己想要回到现实世界的想法，而公公兽则让他去寻找失踪了的仓库老板，也就是之前所遇到的那只奇怪的加布兽。
现在我们可以开始探索整条街道了。
エンジェ医院：负责治疗数码兽，顺带一提，当身上的金额不足300时则只会将现有的钱全部花光，所以前期建议在商店花光钱之后再去医院治疗
トレーニングジム：有6种训练方式，可以提高数码兽的各项属性，每训练一次需要花费1小时的时间
肉畑：每天可以从这里领到5块肉，当然也可以花钱来购买，前期相当重要
ジジモンの家：可以在这里查看各项数据，输入密码等等，门口的数码兽处可以回复满状态
預かり屋：可以将背包中放不下的物品暂时储存在这里
アイテムショップ：可以在这里买到众多便利的道具
数码兽头上的状态说明：
肉：将背包中的肉等食物扔给数码兽即可。
大便：需要前往厕所，地图上显示为粉红色两个人的地方，可以使用商店的便携厕所。
睡觉：△键打开菜单后，选择第四项蓝色的
创可贴：去医院治疗，或者使用商店所卖的药膏
针筒：同样去医院治疗，使用药膏时偶尔可以治愈
流汗：在医院中选择第一项，可以大幅度减轻，或者去公公兽家休息
我们需要寻找的加布兽在街道下面的鉄路の平原偏下的地方。若是想要攒钱可以从左边出门找野生的数码兽对战，之后向下走即可。若是想要降低难度，建议第一天在训练馆中提高能力后再前往。切勿前往左边平原再左边一张地图，那边的数码兽不是现在能够轻易对付的。
平原上的怪攻击力和血量很低，只是要小心拉拉兽的攻击，它会喷出造成持续伤害的毒雾。其余的只要注意好血量，即时扔出回复道具即可。
就是这只，记得及时回复
本作中地图上可以捡到的道具外形是一颗蘑菇的样子，相当小，需要玩家多注意
每一场战斗都能使能力得到一定量的成长，能力的提升由数码兽的种类决定。
在草丛中，主角和亚古兽发现了浑身冒出黑气的加布兽。进入第一场剧情战斗。
小心必杀
加布兽的难度不大，只要在进入战斗之前蓄满必杀就能容易通过了。需要注意的是加布兽的必杀，一个不小心会造成近500的伤害。
胜利之后，加布兽终于恢复了意识。据它所说，他是在平原上散步的时候，突然碰到了升腾起的黑雾，它随即就昏迷了。在向主角道歉了之后，他便回到了はじまりの街上的預かり屋里。我们也可以在那里存取道具了。
沿路返回公公兽的家中，此时开启了新的系统：【繁荣度】。在旅程中我们可以碰到一些头上有省略号的NPC数码兽，将它们说服后便可让其返回はじまりの街，当繁荣度增加之后就有可能在街道上出现的新的店铺。NPC可以无数次说服，没有回数限制，所以诸位可以慢慢尝试。攻略中只写出了笔者流程中碰到的数码兽。
在和公公兽谈起为什么人类会来到这里的时候，它说道这可能和最近在数码世界中发生的异变有关。它希望主角去メモリアステラ「记忆石碑」那里去调查一下，那是一块记录了ファイル島全部记忆的石碑，可能会得到一些线索。最初的那块石碑在鉄路の平原西侧，在此之前正好也有两个孩子也要前往，公公兽便建议主角和他们结伴而行。
从公公兽家出来，正好碰见了现实中的朋友ニコ和伽奥兽。
当两人为自己会因为一封邮件而来到这个世界的时候，ニコ疑惑地问主角为什么会知道密码，主角回答似乎在哪里看到过。ニコ就想到主角曾经在自己父亲的书房里呆过，可能与此有关。聊了会儿天之后，ニコ想要证明自己会成为第一名，便自己跑了出去。 主角连忙追了上去，却的街道中央遇到了一名似曾相识的少女，她自称为アキホ，也是一名玩家。アキホ很喜欢数码兽，所以看到数码兽在害怕着人类的时候有些担心，希望去记忆石碑那里调查一下。
正要从西侧走出街道的时候，主角发现了因为性格不合而吵起来了的两人。主角便建议两人以竞赛/分开走前往石碑那里，这里的选择决定之后剧情战斗中的搭档，前项为ニコ，后项为アキホ。(笔者这里选择了ニコ)
鉄路の平原
来到平原上时，ニコ很稀奇地发现了一辆颇有些年代的报废巴士。这里将触发第一个NPC召回事件。依次选择「車両を叩く」「もっとたたく」「朝だよ!」「街に帰るんじゃないの?」之后便可让其返回，同时收到邮件得到它的卡片。
之后径直左走，前往下一个场景。这里推荐同伴成长为成熟期之后再前往会比较轻松。
来到地图中央的时候，主角和ニコ碰上了一只黑数码兽，进入剧情战斗。由于ニコ的伽奥兽会吸引敌人火力，敌人的攻击力也不高，所以这一战相当轻松。
结束战斗后，一名神秘的少年走了过来。他是主角在数码世界中遇见的第三个人类。他似乎知道些什么，说着主角们并不是他的对手，他所选择的人和主角不同，便转身离开了。
为了追上他，主角和ニコ都向右边跑了过去。注意，在这张地图的最上方有厕所和自动贩卖机，如果需要便便和购买回复道具，可以在这里方便地使用到。(地图上有标示的地方)
进入右边的峡谷后，主角两人发现了那座记忆石碑，可是堵在那之前的是一处次元扭曲。ニコ迫不及待地想要冲过去调查，不料被扭曲中跳出来的黑数码兽撞中。进入BOSS战。
BOSS的血量不太厚，攻击力却相当高，行动速度也非常快。攻击技能有两种，一种是甩尾的扇形攻击，一种是冲击波。战斗的要点是不要和伽奥兽、BOSS站成一条线，尽量保证能够包夹住BOSS，这样也能够防止由于和伽奥兽对撞而导致攻击放空。
战斗结束后，黑数码兽跳回到次元扭曲中，扭曲也随之消失。伽奥兽突然发现了数码兽掉在地上的一件奇怪物体。主角将它拾起后，暴龙机读取到了其中的数据。
上层判断实验已经失败，想要将其终止。但“我”却觉得，这个程序并不是失败，而是指向未来的可能性。就算是我的固执，我也必须要坚持下去。
看完邮件之后，石碑发出了光芒，在主角的暴龙机中下载了新的资料，其中包含了地形情报和关键词。至此鉄路の平原大地图开放，可以在菜单中按R键呼出。
那个黑发少年在入口处目睹了整个过程，微微一笑离开了山谷。
和ニコ一起回到公公兽家的时候，有个紫发的眼镜少女从旁边走了过来，遗憾地表示他们看起来并不是「にゃんこテーマ」，那个数码世界排名第一个的人。当ニコ询问她是谁的时候，她回答说自己并不是现在的主角等人能够明白的。特别是有着「适性」的主角，她想要确认主角是不是那个她所期待着的人。留下这句话后，她便离去了。
看着这个不知所云的少女，ニコ正在感叹还不如アキホ时，神出鬼没的アキホ居然出现在了后面~
公公兽很开心地得知了第一块石碑被修复的消息。它对主角们说，他们所捡到的那个物体是ガーベッジ(即无用的单元)，是在数据被破坏之后物质化所产生的，主角的暴龙机似乎能提取到其中数据。从目前情况来看，情报仍然不足，所以还需要各位去修复剩下的石碑。
道標の森
下一个目标是最近的道標の森。
从街道东侧离开进入森林。森林中开始出现了成熟期的数码兽，其中要小心比多兽，它的攻击力不高，血量和防御却相当厚，建议避开。
刚进入第二个场景，就碰到了那名神秘的少年。他自称为ユウヤ，在这里等着主角。他的目标和主角们不同，并不是要修复石碑，而现在，他想要和主角战斗一次。正当两人准备开始时，ユウヤ似乎察觉到了什么，冷笑了一声离开了
这张地图下方需要繁荣度5，所以可以之后再来。
继续向前走，遇见了带着天女兽和女恶魔兽的紫发少女(我才不会说我很羡慕呢T T)。天女兽和女恶魔兽都很怀疑这样的主角能否对她们的主人ミレイ的计划有所帮助，但她再次说道自己期待着主角的「适性」。主角能够通过暴龙机调查到无用单元、注意到RE-Degitize这个密码，这些都是由于「适性」。她提醒主角，今后将会肩负起重大的职责。
下个场景中，主角、ニコ、アキホ、ユウヤ、ミレイ这5个人第一次聚集在了一起。出现在他们眼前的，是一处次元扭曲，以及从中跳出的黑数码兽。黑数码兽也成长到了成熟期，这证明异变也在不断地发展着。
ニコ发现了黑数码兽身下的无用单元，想要冲上去抢回来，却被一掌拍倒。此时，涌出了许多的黑数码兽，而成熟期的黑数码兽则带着无用单元逃跑了。ニコ拜托主角一定要追上去，这对他来说很重要。
追上后进入BOSS战。这是目前最难的一场战斗，BOSS的防御力不太高，但是攻击和血量极高，特别是放技能的时候，一个不小心就会损失大量的HP。技能主要有两种，一种是从身体放出一团扩散开的火圈，一种是从地面上放出冰柱。两者可以用远离指令躲开，但是不太容易，所以还是建议采用这样的方法：学会防御指令后，看到BOSS停了下来，便立刻使用防御技能，可以大幅度降低伤害。平时则使用猛攻指令，尽量积蓄必杀槽，放必杀比普通攻击效率高很多。请至少带上5个以上的回复道具。
BOSS站结束之后，众人发现黑数码兽是可以操纵次元扭曲的，而它来到这里就是为了得到无用单元，阻碍记忆石碑的正常运作。只要主角还在追寻石碑和无用单元，就一定会和它再次战斗的。
捡起无用单元后得到新的数据。
情报必须同等地开放与所有意识中，真正的开放源代码，就算是被嘲笑，“我”也不会放弃的。光芒将会照耀在那个理想的地方。正因为如此，才有这挑战的价值。
看完这条信息后，ニコ一口咬定写下这个的一定是自己的父亲，因为里面有句他一直在说的话。而且，他的父亲在失踪之前一直在GIGO也就是数码世界的制作公司里担任设计师，他的消失很有可能与数码世界的异变有关。ユウヤ却看不下去了，冷嘲热讽一番后离开了。
接下来，又到了选择同伴的时间了。这里笔者选择了和アキホ同行。
支线：此时回到はじまりの街上的训练馆时，会发现没有同行的ニコ正在训练馆里，他想要让伽奥兽变得更强，便提出6小时的特训。经过六小时后回到训练馆和ニコ对话，伽奥兽进化成伽奥伽兽。
古代骨の沼
要前往古代骨の沼就必须让繁荣度升到5。
具体如下：1：之前剧情中拯救的仓库店老板2：鉄路の平原上废弃巴士里的使魔兽3：森林中临近街道的那个场景内的火焰兽。它需要5颗ミドリデジタケ，即绿色的蘑菇，可以在森林深处找到。让其返回街道后，开启餐馆。4：森林中央的暴龙兽。需要将其打败。只要同伴是成熟期，难度便不高。5：同伴是成熟期的情况下，和路上的汪喵兽对话，选择「おとなしくしなさい」。
游戏从古代骨の沼开始难度上升，可以很明显地感觉到怪能力的提升。从这里开始需要玩家熟练掌握防御技能，才能有效降低药品的消耗。(笔者的大地暴龙兽也在这里寿终正寝了，本来还期待着再进化呢T T)
沿着地图上的道路来到记忆石碑处，看到已经将黑迪路兽打倒的ユウヤ。从他的话语中来看，他似乎很讨厌数码兽。正当他越过黑迪路兽准备修复石碑、取得无用单元时，由于一时大意被本以为已经失去力量的黑迪路兽偷袭，主角和汇合的アキホ急忙上前帮助。
进入BOSS战。BOSS的攻击特点是其速度极快。虽然攻击力不高，但是连续攻击后同伴的HP降落速度还是很快的。需要注意的是，BOSS经常放旋转攻击，很难闪开，攻击又高，特别是在蓄力之后，所以建议看到BOSS蓄力之后一次的攻击时候选择防御比较稳妥。这场战斗将会消耗不少的药品，请在入口处的商店里补充好再前往。
胜利后，恢复正常的迪路兽也神志清醒了，但是当它看到靠近过来的アキホ时吓得急忙逃走了。ユウヤ嘲笑アキホ居然会这样亲密地靠近敌人，アキホ却愤怒地回答他，自己只是喜欢数码兽。主角捡起无用单元，分析到了其中的数据。
这里是哪里?没有人。什么都没有。去寻找下吧?能找到谁吗?
看完这些话后，ユウヤ分析说，石碑会停止运作的根本原因并不是数码兽，而是这些无用单元的存在，黑数码兽会来到这里只是为了得到这个。说完这些后，ユウヤ便离开了。アキホ觉得这个少年很可疑，但是另一边的紫发少女ミレイ似乎也有些什么，便建议和主角一起去寻找她。
剧情结束后先不要离开。在地图下方有两个峡谷，我们前往右边的那个，调查深处的鸟巢后，进入战斗。胜利后得到巴多拉兽的谅解，三天后再次过来，可以开启バードラ運送。
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