任天堂主页的在线杂志《Nintendo Online Magazine》（NOM）的7月号上，公开了《新超级马丽奥》的特集，在采访制作人员的最后，也揭载了“隐藏的挑战模式”的打开方式。大家可以试试看。
隐藏的挑战模式是一般模式的难度加强版，特点是游戏中走过就无法后退到通过的地方（左方向或下方向），也就类似FC上的《超级马丽》游戏方式了。打开这个模式的条件是必须存在通关一次的存盘。
方法：
打开通关后的纪录，在任意大关的大地图上按START键暂停，然后依次输入以下按键(“→”为顺序标识，不用按)： L→R→L→R→X→X→Y→Y
地图右上方出现黄色箭头代表输入成功。
只有玩过的关卡才会被强制单行再游戏一次（未打开的关卡无法游戏）。
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